哈密是新疆的东大门，是新疆连接内地的交通要道，自古就是丝绸之路上的重镇，素有“西域襟喉”“中华拱卫”
“新疆门户”之称。2000多年前就是汉朝与匈奴激烈争夺以制西域的战略要地。东与甘肃省酒泉市相邻，南与巴音郭楞蒙古自治州相连，西与吐鲁番、昌吉回族自治州毗邻，北与蒙古国接壤。特殊的地理位置和它在历史上的重要作用，使哈密在历史上代不绝书。从三道岭、七角井发现大量的磨制石器可证明，距今7000年前的原始社会新石器时代，哈密人的祖先已在这里繁衍生息。从公元前2000年开始，先后有多种民族在这块绿洲上生活过。哈密地区现有全国重点文物保护单位5处，自治区级文物保护单位有36处，市、县级文物保护单位334处。
2006年，哈密完成了对全国重点文物保护单位、自治区级文物保护单位和部分县级文物保护单位的查漏补缺，收集完善了“四有”档案资料记录备案工作。同时促进了哈密博物馆馆藏文物档案管理工作。
在文物保护工程方面，2006年完成了大河古城保护围栏、看护用房、标志牌等保护维修工程。2008年，完成了白杨沟佛寺遗址水灾后重建工程和焉不拉克保护设施工程前期筹备工作项目，保护围栏、看护用房保护维修工程。同时完成了哈密回王墓九世回王墓、台吉墓安全防范工程方案。2010年，完成了五堡古墓群保护设施安装工程。2010年底，哈密回王墓更新的安全防范系统工程也已完工。
“十一五”期间，哈密地区还进行了一系列考古发掘。
2007年，由西北大学考古系和新疆文物考古研究所联合，多所高校和哈密文物局共同参加的巴里坤东黑沟遗址考古发掘再次取得重要收获，初步清楚了遗址的性质，从根本上动摇了以往认为游牧部族没有相对固定居住遗址的观念。并入选2007年度“中国考古十大新发现”。
2008年，对哈密市沁城乡射月沟水库淹没区涉及到的古墓葬进行了抢救性考古发掘，共发掘21座古墓葬、1处房址；对伊吾县峡沟水库淹没区涉及到的古墓葬和遗址进行的抢救性考古发掘工作，共发掘21座古墓葬、1处石围居址。2009年，对伊吾县吐葫芦乡托背梁村抗震安居工程建设涉及到的托背梁古墓葬进行了抢救性考古发掘，共发掘18座古墓葬、10座祭祀坑、1处房址。同年，哈密文物部门配合西北大学文化遗产与考古研究中心、新疆文物考古研究所，对东黑沟祭祀遗址以西数座大墓进行了考古发掘清理工作。2010年，哈密文物部门配合新疆文物局、新疆文物考古研究所与西北大学文化遗产与考古学研究中心，完成了东天山古代游牧民族聚落遗址考古调查、遗址墓葬的发掘清理等工作；联合西北大学文化遗产与考古学研究中心，开展了哈密“东天山地区岩画保存状态评估与保护方法研究项目”专题调查工作，重点对巴里坤境内岩画保存状态进行评估，通过调查基本掌握了岩画的分布规律、病害状况，为今后大面积开展岩画保护工作提供了一定的研究基础。2010年，哈密文物局委托西北大学文化遗产与考古学研究中心对庙尔沟佛寺遗址进行考古调查、测绘并形成考古调查报告。2010年，配合新疆文物考古研究所对五堡艾斯克霞尔南古墓群进行了科学、系统的考古发掘，经过全面的抢救性发掘，共清理出墓葬151座。
2007年，哈密地区开展第三次全国文物普查工作，先后对哈密市、巴里坤县、伊吾县及农十三师辖区进行了文物普查，共调查不可移动文物854处，其中复查不可移动文物320处，新发现不可移动文物534处；其中长城资源63处，坎儿井340条，已消失不可移动文物7处。截至2009年5月中旬，实地文物调查阶段工作通过了专家组验收。同时资料档案工作也已完成。
为进一步改善哈密博物馆的展览和馆藏条件，更好地展示和保护哈密地区文物，哈密博物馆新馆于2007年10月开工建设，2009年9月建设落成。截止目前，博物馆参观游客已达17佘万人，取得了良好的社会效益。2010年，根据自治区发改委下达《关于下达抢救性文物保护设施建设2009年第四批扩大内需中央预算内投资计划的通知》文件精神，哈密地区博物馆文物库房改扩建工程9月开工建设，工程总投资375万元，并于2011年全部完工。
哈密博物馆于2000年被设立为爱国主义教育基地，多年来在爱国主义教育、民族团结教育等方面发挥着重大的作用。是展示哈密自然与地质特点、哈密古代文明及发展成就的重要窗口。
2007年，天山北路墓地的课题研究基本结束，墓地原名林雅墓地，是国内外学术界一直很关注的古代遗存。该课题的完成，不仅是哈密考古学研究上的重大突破，也对新疆早期青铜时代的研究有着至关重要的意义。同年，中科院古脊椎动物与古人类研究所和哈密文物局再次联合在哈密进行科学考察，取得了重要收获。在发现翼龙的基础上，发现了大量、罕见的、保存较好的地质现象，为今后深入研究打下了良好的基础。
2007年，哈密地区成立了“东天山古伊州文化研究院”。目前，《东天山文化研究》第一期、第二期论文集已出版发行。2010年，研究院专家樊亚洲编撰的《东天山古诗选译注》出版发行，该书收集整理了古代歌咏哈密的名诗佳作100篇，以爱国主义和民族团结为主线，弘扬了哈密悠久的民族团结历史、爱国主义情怀和各族儿女艰苦奋斗的优秀品质。同年，哈密《<伊州乐>研究》一书作为重要研究成果被列入2010年东天山文化丛书出版计划。
近年来，哈密地区文物局积极组织并参与文物保护宣传活动，将文物保护宣传结合“文化下乡”活动，为广大市民设立咨询台、免费鉴定文物和散发文物保护宣传单，深入乡村广泛进行文物保护宣传和法律、法规宣传咨询活动。并有效发挥网络媒体优势，通过哈密地区文物信息网的文博之窗、文物古迹、伊州史话、文物鉴赏、考古收获、文博百科、法制天地等栏目，让人们了解到哈密悠久的历史文化及文物保护现状。
2008年，哈密地区成立了文博系统严查彻改火灾隐患专项行动领导小组，具体负责文博系统内集中开展严查彻改火灾隐患专项行动工作的组织领导、确保哈密地区文博系统严查彻改火灾隐患专项行动工作的顺利进行。
由于近年来国外文物黑市交易市场的猖獗以及在这种形势下促成的利益驱动，文物安全形势比较严峻，文物古迹、墓葬、遗址等遭到破坏和偷盗案件屡屡发生，对文物保护单位造成了不同程度的损失和破坏。对此，地方文物部门高度关注，把已开放的文物景点做为安全防范重点，建立定期安全检查和报告制度，有效提高了安全意识和防范事故的能力，在很大程度上确保了文物的安全。
