计划》中，已把柯氏鼠兔等列为亟待保护和研究的种类。
据1999年的调查结果，柯氏鼠兔在其栖息地内的数量和密度都相对较高。调查发现，在阿尔金山保护区阿其克湖的丁字口地区，每公顷平均有44个柯氏鼠兔洞穴。在兔子湖南部1公顷样方内有152个洞穴，洞穴利用率为28.9%，并在该区域采集到8只柯氏鼠兔标本。但在2011年的综合科学考察中，动物组的调查样方中没有采到1只柯氏鼠兔，只是在2012年的补充调查期间在免子湖一带采集到2只活体，其分布数量已较10年前大为降低。
在阿其克湖的丁字口地区，不仅看不到鼠兔，就连新的和现利用的洞群都几乎看不到，只有少量已被风沙走石填埋的陈旧洞群，推测该地区的柯氏鼠兔已消失。在兔子湖南部过去鼠兔较多的区域，每公顷只有3个洞群、30个～40个洞穴，柯氏鼠兔数量明显减少，栖息地内的植被也稀疏了许多。
2011年～2012年的综合科学考察期间，曾专门调查了其模式标本产地——阿尔金山保护区风尘口一带，但只发现高原鼠兔有分布，没有发现柯氏鼠兔的踪迹。柯氏鼠兔最西的分布区是距阿尔金山保护区800千米之遥的喀喇昆仑山岔路口地区，西侧已接近喀喇昆仑山，处于局限性断裂分布状态。目前该地是否还有柯氏鼠兔分布，50多年来没有人再做过该区域的专项调查，也没有见到最新的相关资料。目前仅知在阿尔金山保护区鲸鱼湖和兔子湖一带的分布区域内仍然有柯氏鼠兔生存，总体来看其分布空间在缩小。
确定模式标本产地
柯氏鼠兔是1884年俄国探险队在中国藏北高原一个叫“风谷”的地方发现的新物种，然而世界上第一只柯氏鼠兔的发现地和其模式标本产地究竟在哪儿，却一直是学术界待解的谜团。
2012年7月我在赴欧洲参加国际会议之际专程去了俄罗斯，与莫斯科大学的费尔莫卓夫教授一同前往圣彼得堡动物博物馆，调查了解了当时沙俄探险队涉及“风谷”的2次行程，得知其中1884年的考察只涉及到“风谷”谷地的地区，英语中称之为风之谷。据查这个叫“风谷”的地区就应该是目前阿尔金山保护区西部的风尘口一带，所以确定阿尔金山国家级自然保护区的风尘口北坡的谷地应该就是柯氏鼠兔模式标本的产地。
在圣彼得堡动物博物馆查验在此保存的柯氏鼠兔模式标本、地模标本及原始采集记录时还发现，该博物馆不仅收藏着1884年在“风谷”采集的2只标本，还保存着3只1889年采集自风尘口南坡至阿其克湖一带的标本。所以俄国考察队在1884年和1889年两次在目前阿尔金山保护区范围内的风尘口北坡和风尘口南坡至阿其克湖一带的区域共采集到5只标本，其中1884年采集的2只标本即为柯氏鼠兔的模式标本。
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